何で嫌いになるのか全く分からんって人が一定数いるから好き派ながら一応欠点書いとくね。
"綺麗"が望ましいアニメキャラとして見るか、一人の非力な女子中学生として見るかで評価が変わるキャラクター。
めちゃくちゃ頑張るし中学生らしく超絶性格良い子なんだけど、基本空回り、裏目に出ることも多い。
それは思慮の浅さと他者視点の欠如に因るもので、前者は「さやかはさっき君が投げて捨てちゃったじゃないか」だったり、最後の自己犠牲だったりに象徴されてる。
後者はストーリー通してずっとで、相手のために何かやろうやろうと考えているんだけど、いかんせん想像力や思考力が足りないから"自分の考える良いこと"の押し付けになってしまってて相手のためにならない。
まぁ人間なんて最後は自分の考えの押し付けになるもんだけど、それでも普通は「相手が今どうしたいか」を踏まえた上で行うもの。
「私の優しさ」は、他の誰かにとって必ずしも嬉しいものではない。
それでいてまどかは自分の思うようにいかないことがあると簡単に絶望してしまってその場で寄り添ったり向き合ったりすることはなくまずは逃げることを選択する。
この辺りが「自分本位の押しつけ」「視点の欠如」だといえるところ。

あとは
・いちいちメソメソして反応がうざったい:睨まれる度律儀に怯えたり
・無意味な感情の吐き出しが多い:どうして？ひどいよ？こんなのってないよ
・他主要キャラが皆自我や意志が強い分優柔不断や無力さが相対的に際立つ
そしてメタい話、
・主人公らしくない(上に挙げたような特徴は基本的に主要アニメキャラが持ち合わせること自体ほとんどない)

俺個人としてはそういうところも人間らしくていいし、女子中学生だし、何よりまどかじゃないと間違いなくこの作品は成り立たないと思ってるから嫌いじゃないけど、正直「嫌う理由がわからない」って言ってる人は想像力がなさすぎるというか、一つの視点でしか物事を見れてなさすぎると思う。言い方悪いけど日頃から意図せず人に迷惑かけてそうだな、とも。

もう一度言うけどこれはまどかを「アニメ主人公」ととるか「巻き込まれた女子中学生」ととるかで変わってくる。そしてそこにはどちらが正しいだとか、間違ってるだなんてことはない。