ラピュタ ムスカの後ろに黒幕はいる？いない？

軍の基地内でムスカとモウロ将軍の話し合いを見ればわかります｡

ムスカ「将軍､わたしは政府の密命を受けてるんですよ｡ それをお忘れなく」

この名セリフこそがまさに答えです｡

ムスカに黒幕はいない。

何故なら彼は元からラピュタ族で、幼少期からラピュタの情報を受け継いでいたから。

政府に入ったのも単純に自分の目的（ラピュタ復活）を達成させる手段として近道だっただけ。

政府にラピュタの情報をワザと流し、上層部から「ラピュタを手中に収めよ。そのためならどんな手段を取っても構わない」という命令を引き出させることで、形の上では「私は自分勝手に私利私欲のために動いている訳ではなく、密命を受けて政府のために動いている」ということにして政府の権限のもとにやりたい放題できるから。

実際、ムスカはラピュタを手中に収めた結果、自分がラピュタ族の末裔であることをバラし、政府の人間や軍を真っ先に見捨てている。

暗躍してるときのムスカの台詞をそのまま鵜呑みにしてはならないってこと。（ジブリ作品は視聴者をミスリードさせる台詞回しをよく使う）