メタルギアソリッドVの人間爆弾はかわいそう？いや別に？
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ピースウォーカー事件から4ヶ月後の1975年3月16日。ビッグ・ボスが率いる「国境なき軍隊」の兵力は、核を保有するほど強大になっていた。
この情報を掴んだIAEA（国際原子力機関）は、この軍隊に対する査察を申し入れる。しかしビッグ・ボスは、国籍もなくNPT（核拡散防止条約）にも加盟していない「国境なき軍隊」を査察しようとするIAEAの意図を図りかねていたが、ヒューイが独断で核査察を受け入れようとしたため、やむなく受け入れを決断した。
その中で、ピースウォーカー事件で死亡していたと思われていた少女・パスが生きており、キューバ南端の米軍基地内で尋問されているという情報がビッグ・ボスのもとに飛び込んできた。この情報を聞いた少年・チコは単身で救出に乗り出したが、捕えられてしまう。チコから助けを求める無線を受けたビッグ・ボスは、パスとチコを救出するためキューバへ単身潜入を開始する。
スネークがキューバ南端の米軍基地・キャンプオメガに到着した頃、基地内ではスカルフェイス率いる特殊部隊・XOFが6機のヘリコプターに搭乗して飛び立っていた。豪雨の中を飛び去るヘリを見届けたビッグ・ボスは、同基地内の捕虜収容所の檻に閉じ込められていたチコと、ボイラー室で吊るされていた意識不明のパスを救出、ヘリでマザーベースへの帰還を試みる。
途中、チコがパスの腹部にVの字の縫い跡があるのを発見し、ビッグ・ボスは即座に人間爆弾の罠であることを悟った。ビッグ・ボスは自身とチコでパスの身体を押さえ、ヘリに搭乗していたメディックに爆弾を摘出させる。麻酔なしの手術であったため、機内ではパスが苦痛の声を上げるが、摘出は成功。そのまま爆弾はスネークの手によって海に落とされた。
マザーベースへの帰還を果たしたビッグ・ボス達であったが、そこは炎に包まれ崩壊寸前の戦場と化していた。機内から呆然とマザーベースの変わり果てた姿を眺めていたビッグ・ボスであったが、パイロットがXOFと交戦する国境なき軍隊の生き残りの隊員達と副司令官のカズヒラ・ミラーを発見すると、すぐに上空からの支援を開始、甲板に降りた後は数名のXOF隊員とヘリを排除するなどの戦果を上げる。眼前で隊員たちが射殺されていく光景により怒りに駆られ交戦を続けようとするも、手持ちの武器が弾切れを起こしたことと、ヘリに避難したミラーの声で冷静になったビッグ・ボス
続き
ビッグ・ボスはやむを得ず撤退、崩壊していくマザーベースを為すすべもなく見届けるしかなかった。
ミラーは核査察が欺瞞であったことと突然の爆発が起きたことを語り、ビッグ・ボスはXOFに嵌められたことを悟る。マザーベースを失ったミラーは感情を爆発させ、メディックの観察を受けながら横たわっているパスに八つ当たりを始め、間もなく取り押さえられる。
その声に反応したかのようにパスは突然起き上がり、ヘリの扉に近づく。パスを責め続けるミラーをメディックが押さえ、ビッグ・ボスは体内の爆弾を心配するパスに摘出したことを伝え安心させようとするが、実は身体の中にまだもう一つの爆弾があることをパスは伝える。パスは自身をヘリから海へ身を投げ、爆発の被害がビッグ・ボス達に届かないようにした。しかし、飛び降りたタイミングで起こった爆発の衝撃は思いのほか強く、ヘリはコントロールを失ってしまい、そこにXOFのヘリが衝突。ヘリは大破し、爆発により重傷を負ったビッグ・ボスも意識を失う。
マザーベース壊滅後、ビッグ・ボスは対立するもビッグ・ボスの死を望まない、ゼロ少佐の計らいによってキプロスの英軍病院に運ばれていた。ゼロ少佐は、ビッグボスの安全のため、あの事件の際にヘリにスネークと同乗していたメディック（エイハブ）を影武者として身代わりにする計画を進めており、追体験によりメディック自身をビッグ・ボスだと思わせることに成功した。
マザーベース壊滅から9年後の1984年2月26日。病室で目を覚ましたメディックは、自分が昏睡状態のまま9年間も眠り続けていたことと左腕の喪失を知らされる。2週間後、覚醒したことが外部に漏れてしまい顔の形成手術を行う。そして手術から48時間後、3月11日。謎の女兵士が現れ、自分にエイハブと名乗るよう指示した医師と看護婦を殺害した後、彼の暗殺も試みる。覚醒したばかりでほとんど動くことが出来ない彼を救ったのは、顔に包帯を巻いたイシュメールと名乗る謎の男だった。女兵士はイシュメールの反撃によって炎に包まれたまま窓から転落し、イシュメールは満足に動けないエイハブを助け、的確な指導と行動の下に共に病院からの脱出を図る。病院は先述の女兵士の他に燃える男とそれを操る第三の子供と呼ばれる神出鬼没の少年、そしてXOFの襲撃を受けていた。
さらに続き
患者や医者が虐殺されていく中、包囲網をくぐり抜け、救急車で病院から脱出したエイハブとイシュメールであったが、武装したヘリのミサイル攻撃を受け、車は横転する。
しばらく気を失っていたエイハブだったが、目を覚ますとイシュメールの姿は消えており、救急車の外に出た途端、武装ヘリに捕捉される。しかし、炎に包まれた鯨がヘリを飲み込むと、直後にペガサスやユニコーンにも似た燃える馬に乗った燃える男が再び現れる。
燃える男から逃れるエイハブを救ったのは、かつてヴァーチャスミッションおよびスネークイーター作戦を通して知り合い、ソ連のKGBに潜入していた三重スパイ（トリプルクロス）・オセロットだった。激しい追跡劇の末、エイハブとオセロットは燃える男を振り切る。
オセロットの口から、ミラーがアフガニスタンでソ連軍に拘束されていることが語られる。捕鯨船でキプロスから紅海を渡り、パキスタンに上陸した二人は陸路でアフガニスタンに到着。オセロットはミラーが監禁されている村の付近まで案内すると、エイハブに単身で救助に向かわせた。覚醒したスネークの救出をオセロットに依頼していたミラーは、ソ連軍に捕まった自分を単独で救出させることで、彼に伝説を取り戻させようとしていたのだ。
ミラーを救出し伝説の復活を世界に示すべく、エイハブはパニッシュド“ヴェノム”スネークとしてただ一人広大なアフガンの地へと単身潜入を開始する。ソ連軍の警備を掻い潜り、ミラーを発見したスネークだが、ミラーは視力、右腕、左足を失い変わり果てた姿になっていた。そんなミラーを担ぎ上げ、脱出を図るスネークを、髑髏部隊（スカルズ）と呼ばれる異形の者達で構成された部隊が襲う。スカルズの魔の手から何とか逃れた彼らは、新たに創設したマザーベースに降り立った。ミラーはこの9年間で国境なき軍隊に代わる傭兵組織として立ち上げたダイアモンド・ドッグズをスネークに託し、世界中の汚れ仕事を引き受けてビジネスを拡大し、かつて集めていた力を取り戻そうとする。
彼らの目的はただ1つ。9年前の国境なき軍隊を壊滅させ、自分達の全てを奪っていった組織・サイファーへの復讐だった。